El Museo de Sitio nace como consecuencia de la necesidad de dotar de una infraestructura adecuada para proteger a los materiales culturales que fueron recuperados de las primeras temporadas de excavación cuando se rescató el sitio del abandono en el que se veía sumido después de la paralización de los trabajos realizados en 1967. Cuenta con una sala de exposición donde se presenta la información general acerca de la cultura Lima así como los principales hallazgos de Huaca Pucllana. Cuenta a su vez con oficinas, gabinetes de trabajo, conservación de textiles, de cerámica, Laboratorio de arqueozoología y de Bioantropología física.